發生洪澇災害時，大量畜禽因災死亡，尸體腐爛，病原容易感染擴散，土壤中的大量病原微生物暴露，易污染水源等環境；畜禽抵抗力下降，容易受到疫病侵襲，造成非洲豬瘟、口蹄疫、高致病性豬藍耳病，高致病性禽流感等重大動物疫病，以及血吸蟲病、炭疽、豬鏈球菌病、鉤端螺旋體等多種人畜共患病的發生和流行。
為做好災后新冠肺炎防控和動物防疫工作，災區應重點做好以下幾項工作：
一是及時對病死動物進行無害化處理；
二是對飼養場、屠宰場、交易市場和畜禽尸體處理等場所進行全面消毒；
三是加強生物安全防護措施和動物疫病免疫接種；
四是加強飼養管理，確保畜禽飼料和飲水安全，確保養殖環境衛生等；
五是做好災區工作人員的新冠肺炎的防護，工作人員在處置病死動物時要按照要求穿好防護服、戴口罩、勤洗手等，加強個人衛生防護；一旦發現工作人員有疑似新冠肺炎病癥，及時報告衛健部門。
發生洪澇災害時，由于死亡畜禽體內帶有大量微生物，如不及時進行無害化處理，任其腐爛發臭，病菌會到處擴散，不僅污染環境，還容易引發人畜共患病。參照《病死及病害動物無害化處理技術規范》等相關規定的要求處理病死動物。
（一）處理方法
及時打撈死亡畜禽尸體，首選焚燒、化制等方法進行專業無害化處理，不具備條件的地方可選擇深埋，深埋應選擇高崗地帶，有條件的地方可以進行焚燒后深埋處理。
（二）災區畜禽尸體深埋處理技術要點
１．設施設備。根據死亡動物處理數量大小，準備好作業工具，如卡車（在卡車底層接觸面鋪墊塑料薄膜）、拖拉機、挖掘機、推土機、裝卸工具、動物尸體裝運袋（最好密封）等。運輸車輛應防止體液滲漏，接觸面應易于反復清洗消毒。
２．畜禽尸體運輸。動物尸體最好裝入密封袋，運輸車輛密閉防滲，車輛和相關運輸設施離開圈舍和掩埋點時應進行消毒。動物尸體不得與食品、活畜禽同車運送。
３．畜禽深埋坑選擇。有足夠封土掩蓋，土壤滲透性不高（如土壤滲透性較高，掩埋點坑底至少高于地下水位１米），與江河、湖泊、池塘、井水等水體有一定距離，至少１００米～１５０米，另外要考慮便于動物尸體運抵，避開公共視野，距離居民區至少１００米，避開泄洪道、洪水經常沖刷之地和巖石層。
特定情況下，飼養場死亡動物可考慮就地掩埋。零散小動物（如雞等）可掩埋在樹根下等地方。
４．掩埋坑體的挖掘。坑體體積一般為動物尸體體積的２倍到４倍。坑體寬度一般不小于１．２米，深度一般為２米，不超過３米，長度要能夠容納所有死亡動物。坑底應相對平坦。。坑體體積可按動物尸體估計重量計算：動物尸體體積（立方米）＝動物尸體估計重量（千克）／１０００。
５．掩埋方法及要求。在掩埋坑底鋪撒生石灰，然后鋪設一些可燃燒物質；再將尸體置于坑中后，澆上燃油進行焚燒，待焚燒過后，加土覆蓋，覆蓋土層厚度不得低于１．５米。當小動物尸體數量較大時，可分層焚燒掩埋，每層尸體厚度一般不超過０．３米，中間鋪設可燃燒物質至少０．３米，依次分層焚燒掩埋，最后覆蓋土層厚度不得低于１．５米。掩埋過程中，掩土不得壓實，以免影響自然腐化。掩埋后，應防止野生動物（野狗、野貓等）刨挖。
６．在無害化處理場周邊拉設警戒線和警告牌。防止人員誤入發生危險；按要求安排工作人員定時巡查，防止不法分子盜挖畜禽尸體倒賣。
７．對因炭疽等共患病死亡的畜禽尸體，禁止解剖，絕對不能直接進行掩埋處置；尸體必須先焚燒處理，待焚燒徹底后再將焚燒物質一同深埋。
８．對在野外發現的動物尸體也要及時收集進行無害化處理。
（三）工作人員的防護安全
一是工作人員在無害化處置作業時，要穿戴防護服、橡膠手套、口罩、護目鏡和膠靴。二是處置完畢后及時清洗消毒，接受健康監測，出現不良癥狀時應盡快到衛生部門檢查。
（四）畜禽排泄物及污水處理
畜禽糞便、墊草、污水都必須全部進入沼氣池或集中堆積，密閉發酵４２天后方可還田使用；對于少量的糞便或墊草可晾曬、干制后集中焚燒處理；飼養場的污水必須經３次沉淀，流出的清水才可排出。
（五）告知養殖戶，嚴禁向水源、河流、路邊等處隨意丟棄畜禽尸體。
洪澇災區連續遭受強降雨，死亡畜禽和各種污物隨水流動，水源等環境易受到污染。同時，土壤中的病原被雨水沖出來，也會引發疫病。為消滅環境中病原體，切斷傳播途徑，預防和控制傳染病流行，保障人畜健康，必須進行大消毒。災區畜牧獸醫部門要指導受災養殖場（戶）開展消毒工作，指導規模養殖場、養殖小區落實衛生消毒措施，防止發生疫情。
（一）消毒范圍
洪災過后要指導災區養殖場（戶）做好圈舍及周圍環境的清掃消毒工作。一要做好圈舍環境的清掃工作，防止野生動物侵入，消滅老鼠和蚊蠅；二要對所有圈舍進行一次全面消毒。消毒重點是畜禽舍、屠宰場（點）、畜禽及其產品加工、銷售場地、倉庫、中轉場地、畜禽交易市場、飲水源、畜禽運輸車輛、用具等；特別是是對死亡動物的圈舍進行徹底、多次消毒。
１．圈舍及環境消毒：災后要對圈舍和周圍環境進行徹底的清理消毒。一是對倒塌的圈舍進行消毒，重點是對死亡動物的和圈舍進行徹底進行消毒；二是對可繼續使用的養殖場消毒，大型養殖場要定期清掃，定期用消毒劑消毒，保持圈舍清潔和環境衛生，防止野生動物侵入，消滅老鼠和蚊蠅。小型養殖場及散養戶，重點是經常性地清掃圈舍和處理糞便，保持清潔。如發生疫情，要采用化學消毒藥品或消毒劑進行消毒。三是對重建的圈舍消毒，除按常規消毒外，災后還應根據疾病的流行情況增加消毒次數，選擇合適的消毒藥品。有條件的地方，建立沼氣池，發酵處理糞便，防止蚊蠅滋生。
２．活畜禽交易市場的消毒管理：用刺激性小的消毒劑，進行帶雞和帶豬等畜禽體表消毒，對畜禽交易場所、運輸車輛和籠具等進行清掃消毒；要建立定期的休市消毒制度。
（二）常用消毒藥品及使用方法
１．生石灰：適用刷棚圈墻壁、樁柱及地面的鋪灑消毒等。石灰水的配制方法：１公斤生石灰加４～９公斤水。先將生石灰放在桶內，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水要現配現用，放置時間過長會失效。
２．燒堿：２％燒堿溶液可用于消毒棚圈、場地、用具和車輛等。３％～５％的燒堿溶液，可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈時，將家畜趕（牽）出欄圈，經半天時間，將消毒過的飼槽、水槽、水泥地或木板地用水沖洗后，再讓家畜進圈。
３．過氧乙酸：２％～５％的過氧乙酸溶液，可噴霧消毒棚圈、場地、墻壁、用具、車船、糞便等。
４．復合酚：復合酚１００～３００倍液適用于消毒畜舍、場地、污物等。
５．季銨鹽類：用３０００倍稀釋液噴灑、沖洗、浸漬，可用來消毒畜舍、環境、機械、器具、種蛋等。季銨鹽類２０００倍液可用于緊急預防畜禽舍的消毒。季銨鹽類１００００～２００００倍稀釋液可預防儲水塔、飲水器被污物堵塞，可以殺死微生物、除藻、除臭、改善水質。
此外，（可選用滅毒殺、殺毒霸、殺毒先鋒）氯制劑、碘制劑、酸制劑等消毒劑，按說明書要求配制后對圈舍環境、器械等進行消毒。
（三）消毒次數
要保證消毒頻率。災后環境至少每周消毒兩次，圈舍可帶畜禽每周消毒３～４次。一旦發生疫情，應增加消毒次數，并對消毒效果進行監測。
要保證消毒藥物的有效濃度；防止酸堿消毒劑混用，影響消毒效果。
（四）工作人員消毒
工作人員完成無害化處置工作和消毒工作后，應將脫下的防護服、手套、口罩等集中焚燒處理；接觸污染物后，應使用免洗手消毒劑涂擦雙手，消毒作用時間應不低于１分鐘，然后用水清洗。
規模養殖場戶要結合防控實際，切實做好非洲豬瘟生物安全工作，做好口蹄疫、高致病性禽流感、高致病性豬藍耳病、豬瘟等重大動物疫病的補免工作，對免疫抗體不合格的畜禽要及時補免。
（一）加強免疫，切實提高畜禽自身抵抗力
免疫是防控口蹄疫、高致病性豬藍耳病、高致病性禽流感等重大動物疫病的有效措施。要根據應急監測情況，對抗體水平低、即將超過免疫保護期和新補欄畜禽盡快開展高致病性豬藍耳病、禽流感、口蹄疫和豬瘟等重大動物疫病補免和強化免疫工作。重點對規模養殖場戶抗體水平開展檢測，確保規模場免疫抗體水平。要特別強化母豬、斷奶仔豬免疫工作，做到應免盡免。要結合當地流行情況，對老疫區、人口密集區和臨時人員安置點周邊地區等開展緊急免疫。要面向基層防疫人員和廣大養殖戶，積極開展《動物防疫法》和動物疫病防控知識宣傳，切實提高基層防疫人員的防疫水平和養殖戶的自主防疫意識。
（二）加強監測，及時消除疫情隱患
要進一步加大受災地區動物疫情監測和流行病學調查力度，及時發現和排除隱患。重點對規模養殖場（戶）、曾經發生過疫情的地區和其他高風險地區畜禽集中開展抗體檢測工作。發現疫情要及時采樣送檢，做好監測和流行病學調查，綜合分析疫情發生原因。根據監測結果，災區畜牧獸醫部門要加強督促檢查，確保各項防控措施落到實處；縣、鄉包片獸醫要加大養殖場（戶）的巡查力度，發現疫情及時報告，及時處置。
（一）預防霉變飼料中毒
災區連降大雨，濕度大，易引起飼料霉變，霉變飼料中霉菌能引起動物中毒。中毒后，動物一般體溫正常，糞便干燥，有嘔吐癥狀。母豬不孕并有流產現象。有的出現神經癥狀，嚴重的出現死亡。全身多處部位包括內臟出血，肝臟有壞死。
霉變飼料中毒沒有有效治療方法，重在預防，嚴禁飼喂腐敗、變質或霉變的飼料。霉變飼料可集中焚燒或還田處理；注意飼料的保質期，防止食用過期飼料。
（二）加強飼養管理
一要盡快疏通畜禽養殖場的排水通道，排除畜舍內的積水，修復、加固破損的畜舍，不能及時修復的，應盡快將畜禽轉移至干燥、安全地帶。二要創造良好的飼養環境，保持畜舍內的衛生，及時清理糞便，做好通風工作。三要供給營養豐富的飼料和清潔的飲水。飼料要少添勤喂，避免發霉。在飲水中可加入復合維生素Ｂ和Ｖｃ，增強畜禽抵抗力，增加食欲，消除應激。四要加強種畜禽的飼養，做好母畜的保胎，對已流產的母畜，要增加營養，及時配種，同時加強仔畜的保育工作。五要對低齡、體弱、傷殘、病情嚴重的畜禽及時淘汰，降低飼養成本。商品畜禽達到出欄標準的要盡快出欄，降低飼養密度。
發生洪澇災害時易發的動物疫病包括日本血吸蟲病、炭疽、豬鏈球菌病、鉤端螺旋體病、豬肺疫、豬丹毒、乙型腦炎、高致病性豬藍耳病、非洲豬瘟等。
（一）日本血吸蟲病
日本血吸蟲病是由日本血吸蟲寄生于人或哺乳動物引起的一種人畜共患的寄生蟲病。農業農村部將其列為二類動物疫病，國家衛健委將其列為乙類人間傳染病。
１、流行情況
我國日本血吸蟲病流行區可劃分為三個類型，即水網型、湖沼型及山丘型。水網型：地處長江與錢塘江之間，即長江三角洲的廣大平原地區。湖沼型：地處長江中下游沿江兩岸的洲灘以及與長江相通的廣大湖區。山丘型：主要分布在四川、云南兩省的山區和丘陵地帶。
日本血吸蟲病畜和患者的糞便中含有活卵，為本病主要傳染源。豬、犬本身為宿主，可成為傳染源。哺乳動物對日本血吸蟲幾乎都易感。牛（水牛、黃牛）和羊最易感，人也易感。該病主要通過皮膚、粘膜與疫水接觸遭受感染。感染釘螺逸出尾蚴污染水源，含有尾蚴的水稱為疫水，人畜接觸疫水而發病。經水傳播是血吸蟲病的主要傳播途徑。各種動物與疫水接觸的頻率及接觸的面積不同，因而感染率及感染程度也不同。同種動物的感染率與感染程度在不同地域也不相同。
２、臨床癥狀
臨床癥狀因感染家畜的品種、年齡和感染強度而異，一般黃牛、奶牛較水牛、馬屬動物、豬明顯，山羊較綿羊明顯，犢牛較成年牛明顯。臨床癥狀主要表現為消瘦，被毛粗亂，拉稀，便血，生長停滯，役牛耕作力下降，奶牛產奶量下降，母畜不孕或流產，少數患畜特別是重度感染的犢牛和羊，往往長期拉稀、便血，直腸外翻、疼痛，食欲停止，步態搖擺、久臥不起，呼吸緩慢，最后衰竭而死亡。
人感染血吸蟲病臨床癥狀可分為急性、慢性和晚期三種。急性血吸蟲病的癥狀，多發生于初次感染者，有的人在接觸部位的皮膚出現點狀紅色丘疹，奇癢。慢性血吸蟲病的癥狀，主要表現為慢性腹瀉或下痢。晚期血吸蟲病有幾種類型，（１）腹水型，腹水是晚期血吸蟲病的主要體征之一，（２）巨脾型，（３）侏儒型，（４）結腸增殖型。晚期血吸蟲病常見的并發癥有上消化道出血和肝昏迷。上消化道大出血和肝衰竭是死亡的主要原因。
３、防治措施
實施農業工程滅螺（水改旱、水旱輪作、溝渠硬化、養殖滅螺）和家畜傳染源管理（家畜圈養、以機代牛、建沼氣池、家畜查治）等農業血防重點項目、保護水源及安全放牧，切斷血吸蟲病傳播途徑，預防和控制血吸蟲病。
在疫區進行病原學或血清學方法查病，或采用血清學方法篩查，對查出的陽性畜再用病原學方法確診，查出的病畜采用吡喹酮進行治療或對所有接觸疫水的家畜實施普治。做好病畜治療記錄并整理成冊，歸檔備查。
４、公共衛生與人員防護
在血防重疫區有螺地帶，加強警戒標志，杜絕放牧家畜和人員接觸疫水，如果非要接觸，必須做好人員防護。
人只要接觸疫水就可能感染血吸蟲，繼而發病。接觸疫水的次數越多，感染血吸蟲的可能性也就越大。在血吸蟲病疫區從事生產勞動的農民、漁民、船民等人群更容易感染。近年來，有從疫區流向非疫區，從非疫區流向疫區，或從一個疫區流向另一個疫區的人群，上述人員出現皮疹、發熱、腹痛、腹瀉、乏力、肝臟不適等癥狀時應主動接受檢查。少年兒童、家庭婦女要遠離疫水。從事生產活動的農民朋友要穿戴防護器具及使用防護藥物。要穿高筒膠鞋或防護服，戴手套；凡接觸疫水的部位均要涂遍防護藥物。目前使用較多的防護藥劑主要有：防護油膏、皮避敵、防蚴霜、防蚴筆等。目前口服的藥物有吡喹酮、青蒿琥酯或蒿甲醚，可殺死進入體內的血吸蟲童蟲，預防效果較好。做好糞便處理工作，防止糞便污染水源，殺滅糞便中的血吸蟲卵。
（二）炭疽
炭疽是由炭疽芽胞桿菌引起的一種人畜共患傳染病。農業農村部將其列為二類動物疫病。
１、診斷及流行特點
本病為人畜共患傳染病，各種家畜、野生動物及人對本病都有不同程度的易感性。草食動物最易感，其次是雜食動物，再次是肉食動物，家禽一般不感染；人也易感。
本病呈地方性流行。有一定的季節性，多發生在吸血昆蟲多、雨水多、洪水泛濫的季節。
患病動物和因炭疽而死亡的動物尸體以及污染的土壤、草地、水、飼料都是本病的主要傳染源，炭疽芽胞對環境具有很強的抵抗力，其污染的土壤、水源及場地可形成持久的疫源地。本病主要經消化道、呼吸道和皮膚感染。
２、臨床癥狀
本病主要呈急性經過，多以突然死亡、天然孔出血、尸僵不全為特征。
牛：體溫升高常達４１℃以上，可視黏膜呈暗紫色，心動過速、呼吸困難。呈慢性經過的病牛，在頸、胸前、肩胛、腹下或外陰部常見水腫；皮膚病灶溫度增高，堅硬，有壓痛，也可發生壞死，有時形成潰瘍；頸部水腫常與咽炎和喉頭水腫相伴發生，致使呼吸困難加重。急性病例一般經２４～３６小時后死亡，亞急性病例一般經２～５天后死亡。
馬：體溫升高，腹下、乳房、肩及咽喉部常見水腫。舌炭疽多見呼吸困難、發紺；腸炭疽腹痛明顯。急性病例一般經２４～３６小時后死亡，有炭疽癰時，病程可達３～８天。
羊：多表現為最急性（猝死）病癥，搖擺、磨牙、抽搐，掙扎、突然倒斃，有的可見從天然孔流出帶氣泡的黑紅色血液。病程稍長者也只持續數小時后死亡。
豬：多為局限性變化，呈慢性經過，臨床癥狀不明顯，常在宰后見病變。
犬和其它肉食動物臨床癥狀不明顯。
３、疫情處置
當地畜牧獸醫部門接到疑似炭疽疫情報告后，應及時派人員到現場進行流行病學調查和臨床檢查，采集病料送符合規定的實驗室診斷，并立即隔離疑似患病動物及同群動物，限制移動。對病死動物尸體，嚴禁進行解剖檢查，采樣時必須按規定進行，防止病原污染環境，形成永久性疫源地。
本病呈零星散發時，應對患病動物作無血撲殺處理，對同群動物立即進行強制免疫接種，并隔離觀察２０天。對病死動物及排泄物、可能被污染飼料、污水等按要求進行無害化處理；對可能被污染的物品、交通工具、用具、動物舍進行嚴格徹底消毒。疫區、受威脅區所有易感動物進行緊急免疫接種。對病死動物尸體嚴禁進行開放式解剖檢查，采樣必須按規定進行，防止病原污染環境，形成永久性疫源地。
本病呈暴發流行時（１個縣１０天內發現５頭以上的患病動物），要報請同級人民政府對疫區實行封鎖；疫點出入口必須設立消毒設施。限制人、易感動物、車輛進出和動物產品及可能受污染的物品運出。對疫點內動物舍、場地以及所有運載工具、飲水用具等必須進行嚴格徹底地消毒。患病動物和同群動物全部進行無血撲殺處理。其它易感動物緊急免疫接種。對所有病死動物、被撲殺動物，以及排泄物和可能被污染的墊料、飼料等物品產品按要求進行無害化處理。動物尸體需要運送時，應使用防漏容器，須有明顯標志，并在動物疫病預防控制機構的監督下實施。停止疫區內動物及其產品的交易、移動。所有易感動物必須圈養，或在指定地點放養；對動物舍、道路等可能污染的場所進行消毒。對疫區和受威脅區內的所有易感動物進行緊急免疫接種，并進行疫源分析與流行病學調查。
