在集約化豬場，通常在豬生長早期使用抗生素以預防呼吸道和胃腸道系統感染，通常與應激處理相結合使用。近期概述了這些處理對微生物菌群和免疫器官發育的即時效應。本實驗研究了早期使用抗生素是否會影響豬腸道微生物菌群和腸道功能。
為了調查早期處理的持續影響，將仔豬分為3組，分別做以下處理：1）無抗生素和應激；2）有抗生素無應激；3）有抗生素和應激。
所有處理均發生在出生后第四天。在出生第55天（約8周）和176天（約25周），對空腸內容物樣本做微生物群分析，空腸和回腸組織樣本做全基因組轉錄分析。抗生素處理組在有無應激的情況下均對宿主腸道基因表達的多種處理有持續影響，包括免疫相關處理。
實驗結果表明，早期（出生后4天）的應激可對腸道系統在基因表達（第55天）和微生物組成（第176天）均具有持續作用。第55天觀察到微生物群的高度變異性，但不同處理組間無明顯差異，這很有可能是由于在斷奶期間（第28天）或者斷奶后獲得新的微生物群有關。基于在第55天觀察到的基因表達的差異，可假定早期免疫程序的不同可導致系統對斷奶后新建的微生物群的反應不一樣。因此，不同處理組的腸道系統發展成不同的體內平衡。
